Научный центр состоит из 11 отделов, каждый из которых сотрудничает с определенным количеством кафедр университета.

Руководитель научного центра входит в состав Совета Студенческого научного общества. Он находится в постоянном контакте с председателем Студенческого научного общества, а также с руководителями остальных центров. Руководитель научного центра постоянно координирует работу своего центра, организуя собрания, обсуждая в отдельности работу каждого отдела, входящего в структуру научного центра, с его начальником, сообщая свои замечания и предложения.

Т.о., в целом в научном центре 1 руководитель центра, 1 секретарь и 11 начальников научных отделов, каждый из которых имеет своих заместителей, отвечающих за определённый вид работы в научном отделе.

В структуру научного центра входят следующие отделы:

1) Акушерство и гинекология (3 каф.)

- кафедра акушерства и гинекологии лечебного факультета (л/ф)

- кафедра акушерства и гинекологии педиатрического факультета (п/ф)

- кафедра акушерства и гинекологии ФПК и ППC

2) Внутренние болезни (10 каф.)

- кафедра геронтологии и гериатрии

- кафедра госпитальной терапии л/ф

- кафедра поликлинической терапии

- кафедра пропедевтики внутренних болезней

- кафедра профпатологии и гематологии

- кафедра терапии педиатрического и стоматологического факультетов

- кафедра терапии ФПК и ППС

- кафедра факультетской терапии л/ф

- кафедра фармакологии и клинической фармакологии.

- кафедра эндокринологии

3) Гуманитарные науки (6 каф.)

- кафедра иностранных языков

- кафедра организации здравоохранения, общественного здоровья и медицинского права

- кафедра русский язык как иностранный

- кафедра русской и классической филологии

- кафедра философии и социальных наук

- кафедра экономики и управления здравоохранением

4) Дерматовенерология и инфекционные болезни (9 каф.)

- кафедра детских инфекционных болезней

- кафедра инфекционных болезней

- кафедра клинической иммунологии и аллергологии

- кафедра клинической лабораторной диагностики ФПК и ППС

- кафедра кожных и венерических болезней

- кафедра микробиологии с вирусологией и иммунологией

- кафедра фтизиатрии ФПК и ППС

- кафедра фтизиопульмонологии

- кафедра эпидемиологии

5) Медико-биологические проблемы (8 каф.) 

- кафедра биологической химии

- кафедра медицинской и биологической физики

- кафедра медицинской кибернетики и вычислительной техники

- кафедра нормальной физиологии

- кафедра общей биологии

- кафедра общей гигиены и экологии

- кафедра общей и биоорганической химии

- кафедра патологической физиологии

6) Морфология (4 каф.) 

- кафедра анатомии человека

- кафедра гистологии, цитологии и эмбриологии

- кафедра патологической анатомии

- кафедра судебной медицины

7) Офтальмология, оториноларингология и военная медицина (3 каф.) 

- кафедра военной и экстремальной медицины

- кафедра глазных болезней

- кафедра оториноларингологии

8) Педиатрия (12 каф.) 

- кафедра анестезиологии и реаниматологии

- кафедра госпитальной педиатрии

- кафедра детских болезней лечебного факультета

- кафедра лечебной физкультуры, спортивной медицины и физиотерапии

- кафедра лучевой диагностики и лучевой терапии

- кафедра педиатрии ФПК и ППС

- кафедра поликлинической педиатрии

- кафедра пропедевтики детских болезней

- кафедра скорой медицинской и анестезиолого-реанимационной помощи ФПК и ППС

- кафедра факультетской педиатрии

- кафедра физического воспитания и здоровья

- кафедра хирургии детского возраста

9) Психоневрология (5 каф.) 

- кафедра наркологии - психиатрии и традиционной медицины ФПК и ППС

- кафедра неврологии ФПК и ППС

- кафедра нейрохирургии

- кафедра нервных болезней

- кафедра психиатрии

10) Стоматология (4 каф.) 

- кафедра ортопедической стоматологии

- кафедра пропедевтики стоматологических заболеваний

- кафедра стоматологии детского возраста

- кафедра терапевтической стоматологии

- кафедра хирургической стоматологии и челюстно-лицевой хирургии

11) хирургия (10 каф.) 

- кафедра госпитальной хирургии л/ф

- кафедра госпитальной хирургии п/ф

- кафедра общей хирургии

- кафедра онкологии ФПК и ППС

- кафедра оперативной хирургии и топографической анатомии

- кафедра травматологии и ортопедии

- кафедра урологии

- кафедра факультетской хирургии л/ф

- кафедра факультетской хирургии и онкологии

- кафедра хирургии ФПК и ППС